Dalam menjalankan proses bisnisnya, Pupuk Indonesia senantiasa menerapkan prinsip tata kelola perusahaan yang baik melalui penerbitan Pedoman Perilaku pada tanggal 5 November 2012 yang ditandatangani oleh Direktur Utama dan Komisaris Utama, dan mengalami pemutakhiran terakhir pada tanggal 16 Desember 2021.

Pedoman Etika dan Perilaku Perusahaan yang diterapkan bertujuan untuk memastikan penerapan prinsip-prinsip GCG dapat terlaksana dengan baik di lingkungan Perusahaan. Adapun isi dari Pedoman Etika dan Perilaku Pupuk Indonesia menjelaskan tata cara berperilaku untuk seluruh Insan Pupuk Indonesia sesuai dengan budaya Perusahaan yang telah ditetapkan.